Die imposante Johannes-Basilika, auch als Johanneskirche bekannt, blickt auf eine reiche Geschichte zurück, die bis ins siebte Jahrhundert nach Christus reicht. Als ein bedeutendes Bauwerk der byzantinischen Architektur war sie dem Apostel Johannes gewidmet und errichtet auf dem Ort seines Grabes. Johannes, bekannt als der einzige Apostel, der eines natürlichen Todes starb, wurde ursprünglich auf einem Friedhof oberhalb der antiken Stadt Ephesus beigesetzt. Seine Gebeine waren zunächst in einem Mausoleum untergebracht, das jedoch im Laufe der Zeit zerstört wurde.

Die Basilika selbst wurde aus den Steinen und dem Marmor des ehemaligen Grabtempels erbaut. Unter der Herrschaft des Kaisers Justinian, zwischen 527 und 565 n. Chr., ersetzte eine prächtige, dreischiffige Basilika mit sechs Kuppeln die ursprüngliche Kirche. Diese Kuppeln, von außen mit Blei überzogen, waren eine architektonische Besonderheit und machten die Kirche zu einem Nachfolgegebäude der Justinianischen Apostelkirche in Konstantinopel.

Ab 1330 diente die Kirche als Moschee, verlor jedoch an Bedeutung, als 45 Jahre später die Isabey-Moschee erbaut wurde. Ein Erdbeben im 14. Jahrhundert und die anschließende Zerstörung durch die Reitertruppen Tamerlans im Jahr 1402 hinterließen die Basilika in Trümmern.

Heute sind die Ruinen der Johannes-Basilika am Rande des Ayasoluk-Hügels zu finden, nahe dem Zentrum von Selçuk. Hoch über den Ruinen thront die byzantinisch-seldschukische Festung, ein Zeichen für die einstige zentrale Bedeutung des Hügels in Ephesos. Seit 1955 finden umfassende Restaurierungsarbeiten statt, um die majestätische Anlage der Johannes-Basilika zu erhalten und zu würdigen.